「海峽兩岸智慧財產權保護合作協議」於99年6月29日簽署後，為兩岸智慧財產權的交流開啟歷史的新頁，自同年9月12日生效起，針對該協議的落實與兩岸智慧財產權交流所產生的問題直接進行溝通與協調，雙方互動良好，交流頻繁與密切，共同為該協議交出漂亮的成績單。

以兩岸相互受理優先權主張為例，自99年11月22日至100年的第3季為止，大陸受理台灣優先權主張，專利共3,236件，商標共29件；台灣受理大陸優先權主張，專利共2,039件，商標共25件(詳如附表)。顯示兩岸以主張專利優先權為大宗，並有效保障申請人的研發成果。

未來兩岸將加強兩岸共同打撃仿冒盜版之執法工作，並進行業務交流及審查合作，以調合兩岸審查作業與標準認定之差異，並進而推動相互利用專利檢索與審查結果、品種權審查和測試等交流及合作之長期目標。

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